Search

Archives

Pages

Op mijn desktop:

Suggesties, commentaar, ... (klik of schrijf zelf:)e-mail webgang

Private

Laatste titels:

Virus in de database: Corona op het werk

Uitzending do 18:00 ** October 15th, 2020 by wim.webgang **

Cases grafiek: met map
De software staat hier op sourceforge, versie 1.2 helpt nu om een map te maken of te kiezen waar de data moeten staan (in plaats van alles in je homedirectory te houden).

Virus in de database: Corona op het werk
Voor meer professioneel gebruik: Covid19DataBE2db: download cijfers en bewaar ze in een databank (mysql/mariadb).
Af te halen van sourceforge in .tar.gz formaat uit https://sourceforge.net/projects/garlic3/files/Examples/Covid19DataBE2db/; huidige versie 0.1.4 0.1.5.
Geprogrammeerd in Gambas3 (installeer gambas3-ide om het te openen, te draaien, te compileren naar executable, of te wijzigen enz).
Deze toepassing draait vanop de commandolijn; zo kan het gedraaid worden als script, automatisch bv, of manueel, ook met een eenvoudige login vanop afstand (ssh).
Manueel gestart:
webgang@centraal~> ./Covid19DataBE2db.gambas
ziet de utivoer er ongeveer zo uit:

17:55:03.044 Covid19DataBE2db v.0.1.4 with data in /home/webgang/DataCovid19
17:55:03.045] Init connection with localhost

Redirecting output to ‘wget-log’.

Redirecting output to ‘wget-log.1’.

17:55:04.148] Ready fetch data, move data and wget-logs to data dir (see config)
40331 lines in file
“NIS5″,”DATE”,”TX_DESCR_NL”,”TX_DESCR_FR”,”TX_ADM_DSTR_DESCR_NL”,”TX_ADM_DSTR_DESCR_FR”,”PROVINCE”,”REGION”,”CASES”
40330 lines in file
Push data to database; DB connection open: localhost
Loaded /home/webgang/DataCovid19/DataCasesMuni.csv(size 763432) with 40063 lines
most recent data in db: 10/04/2020 22:00:00
checking/importing 40063 lines, wait while processing…

REPLACE: 39550 21015 09/29/2020 22:00:00 84 –> 85
REPLACE: 40534 21005 09/29/2020 22:00:00 22 –> 23
REPLACE: 39608 11002 09/29/2020 22:00:00 206 –> 207
REPLACE: 39760 23016 09/28/2020 22:00:00 16 –> 17
REPLACE: 39773 21009 09/28/2020 22:00:00 33 –> 34
Updated records: 256 empty lines: 1 inserted 524
Done 11:03:41.344 (Covid19DataBE2db) ; 8,63333333333333

Op de puntjes zijn wat resultaten weggelaten om het overzichtelijk te houden.
De 8.633 op het einde is het aantal minuten dat het programma gedraaid heeft om alle records te controleren.

(ps: Het programma draait nu een tiental minuten, en doordat het aantal gegevens met de dag toeneemt, duurt het ook steeds langer. Om niet onnodig alle records uit het verleden -die toch niet meer veranderen- af te lopen, is er een setting mogelijk om een aantal dagen terug te gaan, bv 30. In de praktijk bleek dat maar tot een tiental dagen terug nog gegevens aangepast worden. Daarmee kon de verwerkingstijd teruggebracht worden van 11 minuten naar 3 minuten)

Op een server kan men de gegevens bijhouden en ter beschikking stellen voor verder onderzoek via bv phpMyAdmin.

bv:
SELECT * FROM `covidcase` WHERE`casedate`="2020-10-06" AND nis5="11002"
geeft vandaag 1 resultaat, nl een casecount van 75.

Incidences
Er worden wel cijfers gegeven voor België en ook voor de provincie (op de vier laatste dagen na):
België: Incidence of the Last 14 Days 254,4
P. Antw: Incidence of the Last 14 Days 215,3

Voor de interpretatie (naar gevallen per inwoners, meestal per 100.000 inwoners) is het nodig om te weten hoeveel inwoners er zijn. Dit kan niet automatisch omdat het inwoneraantal niet voorkomt in de gegevens. Ook elders vonden we niet de combinatie nis5-code en inwoners in een bruikbaar csv bestand (ook niet anders trouwens).

Uit deze gegevens (*) leiden we af dat het voor Antwerpen NIS 11002 voor 2020 over 529.247 inwoners zou gaan.
* https://statbel.fgov.be/nl/open-data/bevolking-naar-woonplaats-nationaliteit-burgerlijke-staat-leeftijd-en-geslacht-10

Antw 11002: 529.247 inwoners

SELECT sum(casecount) FROM `covidcase` WHERE nis5='11002' AND casedate > '2020-09-23' AND casedate < '2020-10-05'

Wat is de juiste betekenins van incidence?
Antw 11002: 3203 / 529.247 ?

Lift ^ | Lift v | Comments Off

Comments are closed.